Državno zastavo Missourija je oblikovala Marie Elizabeth Oliver, ki je bila žena senatorja Roberta Buretta Oliverja. V večini primerov je zamisel o oblikovanju državne zastave Missourija pripisana odboru, ki so ga ustanovile hčere ameriške revolucije leta 1908. Skoraj 92 let je Missouri obstajal kot združena država brez državne zastave. Čeprav je končni Oliverjev dizajn državne zastave obstajal že leta 1909, je postala uradna državna zastava šele 22. marca 1913.
Medtem ko je bila Oliverjeva zastava takrat priljubljena, je obstajala nadomestna državna zastava Missourija, ki jo je senat resno obravnaval. To zastavo je oblikoval dr. GH Holcomb. Ni jasno, ali je bila ideja za zastavo zelo priljubljena med prebivalci Missourija, vendar je dokumentirano, da je za sprejetje zakona, ki je določil uradno državno zastavo Missourija, potrebnih več poskusov. Leta 1913 je guverner Elliot Major končno podpisal zakon in zastava je postala uradna.
Da bi razumeli, zakaj je bil Oliverjev predlog za državno zastavo Missourija uspešen, je pomembno upoštevati lastnosti, ki jih želi državna zastava. Večina ljudi, vključenih v ta projekt, je menila, da alternativni dizajn, ki ga je predlagal Holcomb, ne predstavlja dovolj neodvisnosti države zaradi podobnosti zastave z zastavo naroda. Oliverjeva zastava je bila simbolično bogata, vključno s številnimi močnimi podobami, ki niso bile preveč zapletene za reprodukcijo. Te slike, vključno z zvezdami, čelado in medvedi, so bile posebej izbrane, da predstavljajo ideje in dejstva o Missouriju, ki so takrat veljala za zelo pomembne. Čeprav se je značaj Missourija z leti spreminjal, je sama zastava zgodovinski zapis o tem, kako so ljudje videli Missouri leta 1913.
Zgodovina državne zastave Missourija se ne konča leta 1913, ampak se nadaljuje vse do danes. Družina Oliver je vrsto let obdržala originalno zastavo, ki jo je sešila senatorjeva žena, leta 1961 pa je bila zastava podarjena državi. Razstavljena je bila dolga leta, dokler ni bila poškodovana zaradi starosti, zaradi česar je bilo potrebno skladiščiti za lastno ohranitev.
Leta 1988 je 75. obletnica nastanka zastave spodbudila ponovno zanimanje za prvotni predmet. V spomin na dogodek so osnovnošolci v Missouriju zbrali denar, da bi zastavo obnovili in postavili nazaj na ogled. S sodobnimi metodami arhiviranja in predanostjo ohranjanju zgodovine Missourija bo zastava verjetno ostala na ogled v informacijskem centru James C. Kirkpatrick State v Jefferson Cityju v Missouriju še vrsto let.