Projektiranje mehatronike je celosten inženirski pristop k načrtovanju elektromehanske opreme in strojev. Običajno je oprema zasnovana kot vrsta ločenih sistemov, kot so mehanski, električni, elektronski in računalniški sistemi. Pogosto so ti sistemi sestavljeni iz generičnih komponent, ki so primerne za vse podobne vrste strojev ali celo različne vrste. Pri oblikovanju mehatronike sistemi ne veljajo za ločene, ampak za del celotnega stroja in so integrirani drug v drugega, pri čemer je vsaka komponenta zasnovana tako, da optimalno deluje z vsemi drugimi komponentami v določenem stroju. Na ta način lahko mehatronično oblikovanje proizvede zelo učinkovito opremo za optimalno opravljanje skoraj katere koli naloge.
Obstaja veliko različnih načel, ki se pripisujejo oblikovanju mehatronike in se razlikujejo od industrije do industrije, ker se posebne potrebe po opremi za vsako industrijo razlikujejo. Eno prevladujoče načelo oblikovanja mehatronike pa je koncept oblikovanja vseh komponent v stroju z namenom izpolnjevanja splošnega končnega namena stroja in ne samo posamezne komponente. Na ta način ena komponenta ni ogrožena v svoji zmogljivosti, da bi nadomestila drugo komponento. Na primer, vse komponente v stroju, zasnovanem za delo v vodi ali z vodo, bi bile zasnovane tako, da so vodoodporne.
Izobraževanje inženirjev je tudi pomemben dejavnik pri zasnovi nove opreme z vidika mehatronike. Večina inženirjev je specializiranih za posamezno strokovno področje ali disciplino, kot je elektrotehnika ali strojništvo. Da bi si prizadeval za pravo mehatronično zasnovo, mora inženir poznati vse vidike stroja, od sestave materialov, iz katerih bo izdelan, do računalnikov in programiranja, ki bo uporabljeno za krmiljenje stroja. Z inženirji, ki so izobraženi v vseh vidikih konstrukcije in delovanja določenega stroja, postane z mehatronično zasnovo na voljo vrsta novih rešitev za stare probleme – kot so kemične rešitve za računalniške težave ali obratno.
Kot neposredna posledica težav, povezanih z ustreznim inženiringom strojev in opreme v okviru koncepta zasnove mehatronike, mnogi proizvajalci opreme iščejo multidisciplinirane inženirje s praktičnimi izkušnjami na številnih različnih področjih. Na voljo je malo takšnih inženirjev. To je ustvarilo nova področja v inženirstvu in izobraževanju. Številne visoke šole in univerze zdaj sodelujejo z različnimi panogami, da bi izobraževale in usposobile nove tipe oblikovalskih inženirjev. Ti inženirji ne prejmejo diplom iz ene same tradicionalne discipline, ampak namesto tega njihove diplome odražajo njihovo sposobnost dela z vsemi disciplinami, ki jih zahteva določena industrija.