Fluorofor je del molekule, ki je odgovoren za ustvarjanje fluorescenčne emisije v spektru vidne svetlobe. Znani kot kromofori, fluoroforji absorbirajo različne valovne dolžine svetlobe, kar ustvarja svetlobo, ki je vidna. To je v bistvu območje, v katerem se nahajata orbite elektronov dveh različnih molekul. Svetloba vpliva na to območje in vzbudi elektrone, da ustvarijo svetlobo. V primeru fluoroforja to povzroči stimulacijo manj energijske valovne dolžine.
Fotone absorbira fluoroforni spekter, vendar namesto da bi ustvaril višjo stopnjo vzbujanja znotraj elektrona, proizvaja nižjo stopnjo. To povzroči svetle slike, ki so običajno povezane s fluorescenco. V bistvu svetlejša kot je osvetlitev, manj fluorescence je vidno. To je razlog, da se številne fluorescentne barve najbolje vidijo v virih svetlobe, kot so črne luči.
Fluorofori lahko obstajajo naravno ali se uvedejo z umetnimi metodami. Številne ribe in kamnine ohranjajo naravno raven tega kromofora. Vendar pa je v znanstveni skupnosti najbolj razširjen, ko se uporablja za raziskave. Pomaga pri analizi določenih lastnosti materialov, kar omogoča raziskovalcem, da prepoznajo reakcije in spremembe na področju biokemije in študija beljakovin. Na primer, disciplina imunofluorescence uporablja tehniko za pomoč pri označevanju antigenov in protiteles na podcelični ravni.
Najpogosteje uporabljen fluorofor v raziskavah je fluorescein izotiocianat, snov, ki se lahko kemično veže na molekule. To daje znanstvenikom način, da vizualizirajo spremembe v nefluorescenčnih snoveh. Drugi primeri vključujejo kumarin, cianin in rodamin. Nekatere snovi, ki uporabljajo fluorescenco, imajo lahko škodljive učinke na raziskavo zaradi sprememb pH vrednosti. Ko raziskave napredujejo, se razvijajo nova barvila, vsako z različnimi aplikacijami, ki omogočajo manj vsiljive spremembe molekul.
Poleg čiste znanosti je modifikacija fluoroforov postala priljubljen način trženja izdelkov potrošnikom. Eden od glavnih primerov tega je GloFish™, gensko spremenjena cebrica, ki je na voljo za nakup v rdeči, zeleni ali oranžni fluorescentni barvi. Leta 1999 so znanstveniki z Nacionalne univerze v Singapurju poskušali ustvariti ribo, ki bi lahko zaznala onesnaženje. Z združitvijo zelenega fluorescenčnega proteina meduze z cebrico je žival pokazala močno fluorescenco, zlasti pod črnimi lučmi. Kmalu je bilo odkrito, da bi lahko dodatne atribute iz drugih virov, kot so morske korale, uporabili za ustvarjanje novih barv, kar je odprlo pot živim fluorescentnim živalim, ki se prodajajo kot hišne ljubljenčke.