Vodna ekologija je veja znanosti o ekologiji, ki se ukvarja s preučevanjem vodnih ekosistemov. To področje lahko razdelimo na dva oddelka: sladkovodna ekologija in ekologija morja. Glede na to, da je večina Zemlje pokrita z vodo, je razumevanje vodnih ekosistemov zelo pomembno, še posebej, ker je voda ključnega pomena za preživetje vsega življenja na Zemlji. Brez vode bi bila Zemlja čisto drugačen kraj in verjetno ne bi bilo ekologov, ki bi jo preučevali.
Sladkovodna ekologija vključuje reke, jezera, potoke, sezonska vodna telesa, nahajališča podzemne vode in okoliška območja, medtem ko se morska ekologija ukvarja z oceanom. Estuarije, kjer se sladka voda sreča s slano vodo, lahko preučujejo ekologi z obeh področij, včasih pa tudi z obeh, ki sodelujejo pri projektih, ki zahtevajo strokovno znanje sladkovodnih in morskih ekologov. Ker so vodni sistemi med seboj povezani, obstaja veliko sodelovanje med strokovnjaki, ki se ukvarjajo z različnimi vidiki vodne ekologije, ter med vodnimi ekologi in drugimi člani ekološke stroke.
Ne glede na to, ali ekolog dela s slano ali sladko vodo, so v vodni ekologiji številne zanimive teme. Vodni ekologi preučujejo naravne populacije organizmov v vodi, spoznavajo naravne variacije in vplive vplivov, kot so temperatura, slanost, globina vode, lokacija in letni čas. Ekologe lahko zanimajo predvsem organizmi gospodarskega pomena ali biologija ekosistema kot celote.
Vodne ekologe zanimajo tudi človekove interakcije z okoljem in vpliv človekove dejavnosti na vodne ekosisteme, od razlitja nafte v oceanu do kmetijskega odtoka v jezerih in potokih. Nekatere človeške dejavnosti imajo nenamerne posledice in te posledice lahko v svetu vodne ekologije dobijo epske razsežnosti, saj vsa voda sčasoma odteče v ocean, svetovni oceani pa so povezani. Mikrob v Gangesu lahko konča v pristanišču v Veliki Britaniji in ekologi lahko raziščejo pot, po kateri so mikrobi prišli tja, in ali so človeške dejavnosti igrale vlogo ali ne.
Ljudem, ki se ukvarjajo z vodno ekologijo, je na voljo ogromno študijskih področij, vključno z ohranjanjem vode, ohranjanjem okolja, komercialno uporabo vodnih virov, onesnaževanjem, zgodovino rabe vode, politiko rabe vode in preučevanjem edinstvenih organizmov v različnih vodnih okoljih po vsem svetu. Ljudje običajno vstopijo na to področje tako, da pridobijo diplomo iz ekologije, pri čemer se osredotočajo na vodna vprašanja, ki jih zanimajo, pri čemer nekateri nadaljujejo izobraževanje v podiplomski šoli, da pridobijo dodatne kvalifikacije in izkušnje.