Stereomikroskopi so znani tudi kot stereomikroskopi, inšpekcijski mikroskopi in disekcijski mikroskopi. Videti so podobni binokularnim sestavljenim mikroskopom, vendar imajo bistveno razliko. Binokularni sestavljeni mikroskop ima en objektiv in par okularjev. Prizma se uporablja za razdelitev žarka svetlobe od slike, ki jo tvori objektiv, na vsako oko. To ni isto kot stereo mikroskop, čeprav ima dva okularja.
Ključna razlika v strukturi med binokularnim sestavljenim mikroskopom in stereo mikroskopom je v tem, da stereo mikroskop nima le dveh okularjev, ampak tudi dva objektiva. Zaradi tega gledalec s stereo mikroskopom gleda na predmet iz dveh nekoliko različnih zornih kotov, zaradi česar je predmet videti tridimenzionalno. Vendar pa dve različni vrsti stereo mikroskopov – fiksni in zoom – še vedno ponujata razlike v povečavi in ali jo je mogoče spremeniti. Pogosto imajo stereo mikroskopi manjšo moč kot sestavljeni mikroskopi. Ne glede na to, ali imajo fiksno ali povečavo povečavo, so običajno pod 100-kratno povečavo. Obstaja pa vrsta stereo mikroskopa, ki ima modularno zasnovo, ki uporabniku omogoča, da sestavi stojalo, svetlobno napravo, objektive in okularje, ki ustrezajo potrebam.
Obstajajo tudi druge pomembne razlike med stereo mikroskopi in sestavljenimi mikroskopi. Stereo mikroskop zagotavlja gledalcu pokončno in bočno pravilno sliko v nasprotju z obrnjeno in obrnjeno sliko, ki jo zagotavlja sestavljen mikroskop. Stereo mikroskop ima v večini primerov tudi večjo razdaljo med odrom in objektivom, tako da se lahko med ogledovanjem primerka obdeluje ali secira. Poleg tega sistem flex-arm ustvari drugačno vrsto stereo mikroskopa: takšnega, pri katerem je oder poljubna površina in je na voljo veliko več delovnega območja. Pri tem sistemu je osnova stereo mikroskopa odsotna, zgornji del z okularji in objektivi pa je nameščen na gibljivi roki, ki jo je mogoče dvigniti na višino 2.5 čevljev (762 metra). Sisteme po meri je mogoče oblikovati tudi s stereo mikroskopsko glavo, nameščeno na stojalo.
Druga razlika v vrstah stereo mikroskopov je vrsta osvetlitve, ki jo uporabljajo – na primer LED obročna luč, fluorescenčna žarnica ali optična vlakna, ne glede na to, ali so opremljeni z digitalno kamero in/ali video zmogljivostjo in ali vključujejo video monitor. Različne vrste stereo mikroskopov so narejene za uporabnike od otrok do profesionalcev. Cene se gibljejo od manj kot 100 USD (USD) do vsaj 14,000 USD – to velja za trinokularni stereo mikroskop Leica M125 z ergonomsko nagnjeno glavo, svetlobno/temno polje, ki prepušča svetlobno osnovo iz optičnih vlaken, in razpon povečave 8x do 100x.