Kaj je SYBR Green®?

SYBR Green® je fluorescentno barvilo, ki se z veliko specifičnostjo veže na dvojno verižno DNK. Široko se uporablja v raziskavah molekularne biologije za kvantificiranje in vizualizacijo dvoverižne DNK. SYBR Green® je sintetično barvilo, ki ga je v zgodnjih devetdesetih letih prejšnjega stoletja predstavilo podjetje Molecular Probes®, Inc., hčerinsko podjetje Invitrogen&trade Corporation. Je asimetrično cianinsko barvilo, pri čemer so cianini družina sintetičnih organskih barvil, ki se uporabljajo v fotografiji, CD-R in DVD-R medijih ter v različnih raziskovalnih aplikacijah molekularne biologije.

Zaradi več lastnosti je SYBR Green® še posebej uporaben kot barvanje nukleinske kisline. Je stabilen v razponu temperatur, kar pomeni, da ga lahko uporabljamo za spremljanje biokemičnih reakcij, ki potekajo pri visokih in nizkih temperaturah. Na površino DNK se veže nekovalentno, kar pomeni, da ne bo motil aktivnosti večine nukleaz in DNK polimeraz. Prav tako se veže na nukleinske kisline v dinamičnem linearnem razponu do štirih redov velikosti, tako da lahko poda natančno kvantificiranje DNK v širokem razponu koncentracij.

Najpogostejša laboratorijska uporaba SYBR Green® je odkrivanje dvoverižne DNK v verižni reakciji s polimerazo (PCR) v realnem času in v akrilamidnih gelih. PCR je tehnika za pomnoževanje nekaj kopij DNK skozi ponavljajoče se cikle replikacije DNK. PCR v realnem času meri pomnoževanje, ko se odvija, in ker se SYBR Green® veže na dvojno verižno DNK, merjenje fluorescenčne emisije kompleksa DNA-barvilo omogoča raziskovalcu, da količinsko opredeli količino proizvedene DNK. Ko cikli PCR napredujejo, se fluorescenca poveča, sorazmerno s količino proizvedenega produkta PCR.

Akrilamidni geli so povsod prisotni v laboratorijih za molekularno biologijo, saj služijo običajno potrebnemu namenu ločevanja fragmentov DNK po velikosti. SYBR Green® omogoča raziskovalcu vizualizacijo DNK v akrilamidnem gelu tako, da nanj osvetli svetlobo ustrezne valovne dolžine. Druge uporabe SYBR Green® vključujejo odkrivanje nukleinskih kislin v raztopini, v aplikacijah z biočipom in v pretočni citometriji. Kompleks DNA-barvila absorbira modro svetlobo pri 488 nm in oddaja zeleno svetlobo pri 522 nm.

SYBR Green® je zelo občutljiv; je 25-krat bolj občutljiv od etidijevega bromida, drugega pogosto uporabljenega barvila za vizualizacijo DNK. Zaradi visoke afinitete SYBR Green® za dvojno verižno DNK je uporaben za odkrivanje vzorcev DNK z majhnim številom kopij. Prednostno veže dvoverižno DNK, lahko pa tudi enoverižno DNK z zmanjšano fluorescenco. Kot pri kateri koli molekuli, ki veže DNK, lahko tudi SYBR Green® povzroči mutacije in je možen rakotvoren. Vendar pa je z njim varneje delati in ga je lažje odstraniti kot etidijev bromid.