Southern blot je tehnika, ki se uporablja za odkrivanje DNK v vzorcu in določanje količine DNK. Ta postopek je poimenovan po Edwinu Southernu, britanskem biologu, ki je pionir tehnike v 1970. letih prejšnjega stoletja. Southern blot analiza uporablja gelsko elektroforezo za ločevanje fragmentov DNK v vzorcu in nato uporablja sonde za odkrivanje zanimivih sekvenc DNK.
Southern blotting se začne z vzorcem DNK, ki je bil ekstrahiran iz celic. DNK se obdela z restrikcijskimi encimi, ki cepijo nukleinsko kislino na fragmente različnih velikosti. Nato DNK poteka skozi elektroforezo denaturiranega agaroznega gela. Ta postopek loči fragmente v posamezne pramene hkrati, saj so ločeni tudi po velikosti.
Naslednji korak pri Southern blotu je prenos ločenih fragmentov DNK na list najlona ali nitroceluloze, ki drži fragmente nepremične. Po tem se list inkubira s hibridizacijsko sondo enoverižne DNK. Zaporedje sonde je zasnovano tako, da se veže na zaporedje DNK, ki ga poskus poskuša odkriti. Vsak fragment sonde se bo vezal na svojo komplementarno sekvenco DNK, če obstaja v vzorcu, da bi tvoril odsek dvoverižne DNK. Sonda je označena z radioaktivnim izotopom ali z encimom. V istem poskusu je mogoče uporabiti več sond.
Ko je inkubacija končana, je zadnji korak v postopku Southern blot razkrivanje lokacij, kjer se je sonda vezala na komplementarno DNK. Če je bila sonda označena z radioaktivnim izotopom, se to naredi z uporabo rentgenskih žarkov za odkrivanje mest, kjer se je sonda hibridizirala za vzorčenje fragmentov DNK. Ko se uporabi encim, se izvede nadaljnja inkubacija. Encim, ki se uporablja za ta namen, je tisti, ki proizvede obarvan produkt, ko reagira s svojim substratom, zato se Southern blot zaključi z dodajanjem substrata, da se razkrijejo lokacije, kjer se je DNK sonde vezala na DNK vzorca.
Southern blots so uporabni iz različnih razlogov. Najpreprostejša uporaba tehnike je uporaba sonde za identifikacijo sekvenc DNK, ki so zanimive ali jih je treba izolirati za druge namene. Southern blotting se uporablja tudi za določitev, koliko kopij določenega zaporedja je prisotnih v vzorcu. To je mogoče, ker nastane močnejši radioaktivni ali encimski signal, ko je prisotnih več kopij zaporedja in je vezanih na sonde.
Druga pogosta uporaba tehnike je pri genetski manipulaciji bakterij in drugih mikroorganizmov. V tem primeru sondiramo bakterijsko DNK, da ugotovimo, ali je bila tuja DNK uspešno vnesena v bakterijo. Southern blotting je tudi osnova za tehniko polimorfizma dolžine restrikcijskih fragmentov.