Fotomikrografija je fotografija nečesa pod povečavo, posneta skozi mikroskop. Od prvih dni fotografije so ljudje poskušali ustvariti fotografske podobe stvari, ki jih gledajo skozi mikroskope, z različnimi stopnjami uspeha. Obstajajo številni izzivi, ki jih je treba premagati pri fotografiranju mikrofotografije za kakovostno sliko.
Eden od pristopov k fotografiranju mikrofotografije vključuje namestitev kamere na okular mikroskopa. Preizkus se namesti v mikroskop, mikroskop nastavi in izostri, nato izostri kamero in naredi fotografijo. Druga tehnika vključuje uporabo specializiranega mikroskopa z vgrajeno kamero, ki se lahko uporablja za fotografiranje fotografij ali video posnetkov predmetov na odru mikroskopa.
Za dobro mikrofotografijo je potrebna zelo fina stopnja ostrenja in leča kamere, ki je sposobna izostriti v pogojih, ki jih najdemo z mikroskopom. Svetloba je običajno tudi kritična težava, saj je za jasno sliko potrebno dovolj svetlobe, ne da bi predmet izpral na odru mikroskopa ali ga poškodoval s svetlobo. Postopek je lahko še bolj zapleten, ko mora nekdo narediti mikrofotografijo nečesa, kot je vzorec, ki si ga je treba ogledati pod črno svetlobo, da poudari madež ali drugo lastnost.
Poleg fotografiranja z običajnim mikroskopom lahko fotografirate tudi z elektronskim mikroskopom. Elektronske fotomikrografije so lahko izjemno podrobne in bogate, kažejo visoko stopnjo povečave in razkrivajo strukture, ki jih z običajnim mikroskopom morda ni mogoče opaziti. Moč ločljivosti elektronskega mikroskopa je veliko večja od običajnega svetlobnega mikroskopa, kar je mogoče jasno ponazoriti z ogledom fotomikrografij istega predmeta, ki ga gledamo pod svetlobno mikroskopijo in nato pod elektronsko mikroskopijo.
Mnogi ljudje so videli mikrofotografije, čeprav se tega ne zavedajo. Učbeniki za biologijo običajno vsebujejo številne primere, iskanje slik v katerem koli iskalniku za »fotomikrograf« pa lahko prikaže čudovite, strašljive in osupljive slike. Pod mikroskopom lahko tako navaden predmet, kot je cvetni prah, postane izjemen.
Poleg tega, da se uporabljajo za ilustriranje naravoslovnih učbenikov in navduševanje ljudi nad znanostjo, se fotomikrografije uporabljajo tudi v patologiji, za ustvarjanje slik celic za dodatno referenco ter na področjih, kot sta forenzična znanost in splošna biologija, med mnogimi drugimi. Mikrofotografije običajno spremljajo znanstvene objave, ki lahko segajo od odkritja novega virusa do raziskav o notranjem delovanju rastlinskih celic.