Razlika med nanotehnologijo in molekularno nanotehnologijo (MNT) je v tem, da se prva zdaj uporablja za označevanje katere koli znanosti, ki se ukvarja z delci v nanosmeru od 1 do 100 nanometrov, medtem ko se slednja nanaša posebej na teorije nanostrojev, ki so sposobni graditi izdelke iz atoma. navzgor, imenovano tudi molekularna proizvodnja (MM).
Nanometer, ki je milijoninka milimetra ali milijarda metra, je neverjetno majhna mera dolžine, velika le približno pet do sedem atomov. Splošni izraz “nanotehnologija” obravnava strukture, ki se merijo v nanometrih. Bakterija je v primerjavi s tem veliko večja. Fulereni ali ogljikove nanocevke pa, kot je odkril Richard Smalley z univerze Rice, spadajo v področje nanotehnologije.
Izraz “nanotehnologija” ni bil vedno uporabljen tako široko. Izoblikoval ga je K. Eric Drexler v svoji knjigi iz leta 1986 Motorji ustvarjanja, da bi se sklical na svoje teorije za molekularno proizvodnjo, ki je sledil vizionarskim idejam, ki jih je 27 let prej predstavil slavni fizik Richard Feynman. Ko so se možnosti molekularne nanotehnologije povečale in se je v znanstveni skupnosti povečalo navdušenje (situacija, ki pogosto vodi do možnih nepovratnih sredstev in drugih oblik financiranja), so mnogi raziskovalci začeli uporabljati izraz za svoja prizadevanja na nanomerilu, ki niso povezana z molekularno proizvodnjo.
Zaradi povečanja možne zmede v javnem sektorju obstajajo potencialne koristi in tudi potencialne nevarnosti, povezane z nanotehnologijo in molekularno proizvodnjo, čeprav se razlikujejo. Zato se je Drexler sčasoma odločil za nadaljnje kvalificiranje svojega področja znanosti, da bi ga ločil.
Druga razlika med obema vejama je, da je nanotehnologija uveljavljena znanost, v kolikor se nanodelci že tržijo v izdelkih; čeprav nekateri kritiki trdijo, da raziskave o možnih nevarnostih nanodelcev niso sledile trženju.
Nasprotno pa je molekularna nanotehnologija (MNT/MM) še vedno teoretična. Ko bo realiziran, je pripravljen s seboj prinesti novo tehnološko revolucijo. Nanomedicina, posebna veja MNT, bi morda lahko celo podaljšala človeško življenjsko dobo z izkoreninjenjem bolezni. MNT ima tudi potencialne nevarnosti in njegove prednosti in slabosti se obsežno preučujejo.