V najbolj splošnem pomenu se lahko biotehnologija uporablja za sklicevanje na kakršno koli tehnologijo, ki uporablja biologijo za dosego svojega cilja. To vključuje takšne »nizkotehnološke« metode, kot je cepljenje različnih rastlin, dodajanje kvasovk v pijačo, da jo fermentira v pivo, ali dopolnjevanje tal z organizmi za pomoč pri obvladovanju težav s škodljivci. V bolj specifičnem pomenu se izraz običajno uporablja za označevanje višje stopnje tehnološkega posredovanja, zlasti na področju kmetijstva.
Obstajajo štiri glavna podpolja biotehnologije, pod katerimi se večina implementacij prilega: zelena, modra, bela in rdeča. Zelena biotehnologija je povezana z rastlinami in rastjo, modra je povezana z uporabo biološke tehnologije v vodi, bela se uporablja v industriji, rdeča pa v medicinske namene. Medtem ko so vsa štiri podpolja prispevala številne dragocene procese, je zelena biotehnologija verjetno najbolj razširjena, medtem ko je modra še vedno razmeroma redka.
Bela biotehnologija, ki jo včasih imenujejo tudi siva biotehnologija, se osredotoča predvsem na uporabo bioloških organizmov za proizvodnjo ali manipulacijo stvari na način, ki je koristen za industrijo. Nekatere bakterije je mogoče uporabiti za obdelavo kovin ali plastike, na primer na način, ki je lahko učinkovitejši ali stroškovno učinkovitejši od bolj tradicionalnih metod. Drugi se lahko uporabljajo za aktivno proizvodnjo kemikalije ali spojine, ki se uporablja v industrijskem procesu. Ena vznemirljiva uporaba bele biotehnologije je način čiščenja onesnaženega okolja s sproščanjem bakterij, ki pomagajo razgraditi ali razgraditi neželeno kemikalijo. Bakterije, ki porabljajo olje zaradi razlitja nafte, so en primer tega.
Rdeča biotehnologija se uporablja za ustvarjanje snovi za medicinsko uporabo ali za neposredno pomoč telesu pri boju proti bolezni ali bolezni. Praksa genskega spreminjanja kvasovk in bakterij za proizvodnjo zdravil je ena razširjena uporaba, ki pogosto omogoča ustvarjanje zdravil, ki jih sicer ne bi bilo mogoče izdelati. Manipuliranje z genomom pacienta za zdravljenje bolezni je še ena, relativno nova uporaba rdeče biotehnologije.
Zelena biotehnologija je enostavno najstarejša uporaba biotehnologije s strani ljudi, ki sega v prvo uporabo selektivne vzreje v rastlinah, v moderni dobi pa je tudi najbolj ogroženo področje biotehnološke rasti. Gensko spreminjanje rastlin za doseganje želenih učinkov – kot so odpornost proti določeni kemikaliji ali škodljivcem ali povečan pridelek – se po vsem svetu pogosto uporablja pri številnih pridelkih, zlasti pri osnovnih živilskih pridelkih, kot so koruza, riž in soja. Mnogi zagovorniki verjamejo, da imajo gensko spremenjeni organizmi (GSO) potencial, da so veliko bolj prijazni do okolja in pomagajo pri reševanju prehranskih kriz po vsem svetu. Nasprotniki verjamejo, da ti transgenski pridelki hrane ogrožajo biotsko raznovrstnost in lahko predstavljajo tudi tveganje za zdravje.