Fluorescenčni mikroskop je mikroskop, ki se uporablja za pregledovanje vzorcev z luminiscenčnimi lastnostmi ali vzorcev, ki so bili pripravljeni s snovmi, ki ustvarjajo luminiscenčne lastnosti. Pri tej vrsti mikroskopije je vir svetlobe sam vzorec. Z uporabo fluorescenčnega mikroskopa je mogoče zbrati veliko informacij, s temi mikroskopi pa lahko ustvarite osupljive slike, na katerih so jasno vidne podrobne strukture.
Ti mikroskopi izkoriščajo lastnosti nekaterih kemičnih spojin. Ko jih vzbudi svetloba ustrezne valovne dolžine, klasično ultravijolična svetloba, se te kemikalije zasvetijo. Če je luminiscenca kratka, je znana kot fluorescenca, medtem ko daljše obdobje luminescence po vzbujanju imenujemo fosforescenca. V obeh primerih se bo barva luminiscence razlikovala, odvisno od vključenih kemikalij, prav tako natančna dolžina obdobja luminiscence.
V fluorescenčnem mikroskopu se svetloba določene valovne dolžine prenaša skozi specializiran mikroskopski kondenzator, ki usmeri svetlobo v zelo ozek žarek. Ko svetloba zadene vzorec, se luminiscenčne spojine vzbudijo in začnejo oddajati svetlobo. Z uporabo dikroičnega zrcala, ki filtrira snop svetlobe, ki se uporablja za vzbujanje vzorca, lahko raziskovalec jasno vidi luminiscenco in naredi zapiske o njenih lastnostih ali pa fotografira vzorec na odru mikroskopa za prihodnjo uporabo.
Ker je svetloba, ki se uporablja v fluorescenčnem mikroskopu, pogosto potencialno nevarna za oči, je običajno treba uporabiti polarizacijski filter na okularju, da mikroskop ne poškoduje uporabnikovih oči. Polarizacijski filtri se lahko uporabljajo tudi za barvno korekcijo ali za povečanje kontrasta, tako da je luminiscenca bolj jasno vidna. Kot pri drugih mikroskopih je mogoče jasnost slike prilagoditi z izostritvijo komponent mikroskopa, raven povečave pa je mogoče po potrebi dvigniti ali znižati.
V nekaterih primerih je lahko vzorec naravno luminiscenten, kot v primeru nekaterih mineralov, ki bodo fluorescirali ali fosforescirali pod svetlobo določene valovne dolžine. Vzorce lahko označimo tudi z molekulami, znanimi kot fluorofori. Te molekule lahko ciljajo na specifične strukture v vzorcu in ustvarijo fluorescenčno sliko pomembnih struktur, ko vzorec vzbudi svetloba v mikroskopu.
Fluorescenčni mikroskop je lahko drag nakup, še posebej v primeru visokokakovostnih mikroskopov. Praviloma je ta vrsta mikroskopije na voljo le v zelo dobro opremljenih laboratorijih.