Mikroskopska fotografija je znanost o ustvarjanju in snemanju slik mikroskopskega materiala. Široko se uporablja na različnih področjih znanosti, od forenzike do arheologije. Zgodnje metode mikroskopske fotografije so vključevale prilagajanje fotografske opreme za uporabo z mikroskopskimi lečami. V 21. stoletju napredek digitalne fotografije omogoča večjo fleksibilnost pri ustvarjanju teh slik. Mikroskopska fotografija se imenuje tudi fotomikroskopija, rezultat pa se imenuje fotomikrografija ali preprosto mikrograf.
Fotografija in mikroskopija sta bili posledica napredka v optiki in konstrukciji leč v 17. do 19. stoletju. Iznajdljive kombinacije ogledal in povečevalnih leč so prinesle majhne podrobnosti slike v ostro, tako kot to počne človeško oko. V pravilni razporeditvi lahko takšne leče in ogledala povečajo zelo oddaljene, kot v teleskopi, ali zelo majhne. V 1800-ih so se pionirski fotografi naučili, kako s kemičnimi procesi trajno snemati slike na kovinske ali steklene površine, imenovane plošče. Znanstveniki so kmalu ugotovili, da lahko uporabijo fotografijo za snemanje slik, ki so si jih ogledali skozi svoje mikroskope.
Najstarejša mikroskopska fotografija je posnela mikroskopske slike neposredno na fotografske plošče. To je bilo doseženo z uporabo adapterskih obročev za pritrditev mikroskopa na objektiv kamere. V nekaterih primerih je bila leča kamere odstranjena, kar je mikroskopu omogočilo, da deluje kot sam objektiv. V 20. stoletju so razvili posebne kamere za snemanje mikrofotografije na fotografski film. Standardne tehnike obdelave fotografij tistega časa so zahtevale potopitev filma v razvijajoče kemikalije, kar je povzročilo nekaj zamude, preden je bilo mogoče sliko analizirati.
Tehnike digitalne fotografije so spremenile tako mikroskopsko kot mikroskopsko fotografijo. Sodobni mikrografi lahko prikazujejo mikroskopski material v realnem času, ko je še pod mikroskopom. Možno je tudi snemanje videa in integracija z računalniškimi sistemi, kar lahko pomaga, ko je potrebna podrobna analiza slike. Laboratoriji za kriminal uporabljajo takšne mikrografe, ko iščejo sledi dokazov s prizorišč zločina. To je verjetno najbolj znana uporaba fotomikroskopije, zahvaljujoč televizijskim kriminalnim dramam.
Vendar ima mikroskopska fotografija druge aplikacije in je povzročila napredek na številnih znanstvenih področjih. Na primer, geologi preučujejo mikroskopske vzorce tal za dokaze o atmosferskih in okoljskih razmerah v različnih zgodovinskih obdobjih. Medicina in imunologija sta odvisni tudi od mikrofotografije za raziskave, diagnosticiranje in zdravljenje bolezni. Elektronski mikroskopi uporabljajo elektrone in ne svetlobo za pregledovanje materiala, vključno s celičnimi in molekularnimi strukturami, pri veliko večjih povečavah kot običajni mikroskopi. Slike, ki jih ustvarijo elektronski mikroskopi, se imenujejo tudi mikrofotografije.