Magnetna nevihta je motnja v zemeljskem magnetnem polju, ki jo povzročajo izbruhi koronalne mase (CME) ali sončni izbruhi iz Sonca. Običajno se začne med 24 in 36 urami po sončnem dogodku, ko udarni val sončnega vetra doseže zemeljsko ionosfero. Nevihta potem običajno traja od 24 do 48 ur, čeprav lahko nekatere trajajo tudi dni. Posledice takšnega neurja so motnje v komunikacijskih in navigacijskih sistemih, intenzivne polarnosti, poškodbe satelitov, med najbolj ekstremnimi nevihtami pa inducirani tokovi v daljnovodih in cevovodih, ki povzročijo izpade električne energije in korozijo.
Resne magnetne nevihte se pojavijo enkrat na desetletje, najhujše pa enkrat na stoletje. Pojavijo se, ko energijski delci iz sončne nevihte trčijo v ionosfero in magnetosfero, kar ustvarja kaskado energijskih delcev in moti magnetne in električne tokove atmosfere. V zadnjih dveh stoletjih sta bili dve hudi magnetni nevihti, vključno z nevihto 28. avgusta – 2. septembra 1859, ki je največja doslej, in še eno 13. marca 1989.
Med magnetno nevihto od 28. avgusta do 2. septembra 1859 so bili polarni sij vidni vse do Mehike, Kube, Havajev in Italije. Na telegrafskih žicah v Evropi in Severni Ameriki je prišlo do kratkega stika, nekatere so povzročile požare. Aktivne sončne pege so opazili na Soncu le 18 ur pred prihodom udarnega vala, ki je sprožil geomagnetno nevihto. To je eden prvih, ko so geomagnetno nevihto napovedali vnaprej. Dogodek je postal znan kot sončna superviharja iz leta 1859.
Novejša magnetna nevihta, ki se je zgodila 13. marca 1989, je bila bolj škodljiva za svetovno infrastrukturo zaradi večje infrastrukture na splošno in povečane odvisnosti od občutljive elektronike, vključno s sateliti. Neurje je povzročilo zlom električnega omrežja Hydro-Québec v nekaj sekundah, ko so inducirani tokovi v žicah razstrelili transformatorska jedra in ocvrto zaščitno opremo, kar je povzročilo verižno reakcijo, ki je povzročila izgubo električne energije za šest milijonov ljudi za devet ur in precejšnje gospodarska škoda. Borzo v Torontu so morali začasno zapreti zaradi računalniške poškodbe, ki jo je utrpela magnetna nevihta. Več satelitov v orbiti je bilo poškodovanih za več deset milijonov dolarjev.
Magnetna nevihta bi lahko bila še posebej nevarna za nezaščitene astronavte, ne zaradi induciranega toka v zemeljskem magnetnem polju, temveč zaradi energijskih delcev, ki prihajajo neposredno iz samega Sonca. Astronavt v običajni vesoljski obleki na površini Lune bi lahko med hudo nevihto prejel 7000 rem sevanja, smrtonosno dozo. Če bi astronavta lahko opozoril in se zakril pod lunino zemljo, bi bil učinek minimalen.