V biokemiji je RNA gel elektroforeza običajna metoda, ki se uporablja za analizo biološke molekule, imenovane ribonukleinska kislina (RNA). Gel elektroforeza loči molekule po velikosti in naboju, saj so “presejane” skozi list, narejen iz želatinaste kemične snovi. Ta postopek se najpogosteje uporablja v laboratorijih za analizo fragmentov deoksiribonukleinske kisline (DNK) ali RNA, molekul, ki vsebujejo genetske informacije organizma. Elektroforeza RNA v gelu se po postopku nekoliko razlikuje od elektroforeze v gelu DNK, saj so molekule RNA za razliko od DNK enoverižne verige, ki se nagibajo k zlaganju v strukture. To oteži ločevanje po velikosti za fragmente RNA.
Prvi korak v RNA gel elektroforezi je izolacija molekul RNA iz vzorčnih bioloških celic. Vzorčno tkivo se raztopi v določeni mešanici kemikalij in očisti, da se odstranijo encim RNAza, proteini in DNK. Posebej pomembno je, da vzorec na nobeni točki postopka ni kontaminiran z RNazo, ker RNaza katalizira razgradnjo molekul RNA in povzroči njihovo razpad. Ko je vzorec prečiščen, ga ohladimo in dodamo drugo kemikalijo, da se RNA obori ali pa iz raztopine izpade kot trdna snov. Vzorec nato damo v centrifugo, ki ga vrti pri visoki hitrosti in izolira trdno oborino na dnu epruvete.
V postopku elektroforeze v gelu DNK ali RNA se prečiščene biološke molekule dodajo v vdolbinice na enem koncu ravne gelne plošče. Nato skozi gel teče električni tok. Ker so molekule DNK in RNA negativno nabite, jih pritegne pozitivna elektroda na skrajnem koncu gela in migrirajo skozi pore v gelu proti temu koncu. Pore v gelu so fiksne velikosti, zato manjši delci DNK ali RNA migrirajo hitreje kot večji fragmenti, ki imajo več težav pri krmarjenju skozi porozno matriko.
Po določenem času delovanja gela se električni tok izklopi in rezultati se pregledajo. Molekule DNK ali RNA se lahko na tej točki obarvajo in naredijo vidne. Vsak fragment se bo pojavil kot trak na drugi točki v gelu, odvisno od tega, kako daleč je lahko migriral glede na njegovo velikost. Ločevanje fragmentov po velikosti je lahko koristno pri primerjavi vzorcev, kot v forenziki, da ugotovimo, ali obstaja ujemanje – enaki vzorci bodo imeli enake vzorce pasov.
Pri elektroforezi RNA v gelu je potreben dodaten korak denaturacije, preden se gel lahko zažene. V normalnih pogojih se molekule RNA strdijo ali zložijo v sekundarne strukture, kar vpliva na mobilnost fragmentov RNA skozi gel. Da do tega ne pride, je treba vzorec RNA denaturirati z dodajanjem kemikalije, kot je formaldehid, vzorcu in gelu.