V biološki taksonomiji – imenovani tudi znanstvena klasifikacija ali biološka klasifikacija – monofilija pomeni, da skupina vključuje izključno vrsto in vse njene prednike, medtem ko polifilija pomeni, da lahko skupina vsebuje “vrečo za zgrabitev” različnih družin. Te se imenujejo monofiletske in polifiletske skupine. Primer polifiletske skupine bi bili “črvi” ali “toplokrvne živali”, medtem ko bi bila monofiletska skupina “sesalci” ali “raki”.
Zgodovina biološke taksonomije je bila ena od poskusov odstranitve polifiletskih skupin v korist monofiletskih. Od sedemdesetih let prejšnjega stoletja so to precej olajšale genetske metode – imenovane tudi filogenetska analiza ali “molekularne študije” – ki preučujejo podobne dolžine DNK, da bi ugotovile, kako so živali med seboj povezane. Številne skupine, ki so na videz podobne, se lahko v praksi izkažejo za popolnoma nepovezane. Na primer, Pygopodidae, družina kuščarjev brez nog, so videti podobne kačam, vendar se od njih ločijo po vekah, ki utripajo (kar kačam manjka), zunanjim ušesnim luknjam, ravnim jezikom, ki niso razcepljeni, in rudimentnim okončinam. Za amaterja je lahko razlikovanje nekoliko težko, profesionalnemu biologu pa je lahko jasno.
Eden najbolj standardnih primerov polifiletske skupine so toplokrvne živali, ki vključujejo ptice in sesalce. Obe vrsti imata skupnega prednika, ki je živel v paleozoiku, zelo dolgo nazaj. Ptice, čeprav so toplokrvne, so se razvile iz hladnokrvnih prednikov, dinozavrov, ki s sesalci skorajda niso monofiletski. Tako so ptice in sesalci iz povsem različnih skupin, vendar oba spadata v splošno kategorijo toplokrvnih živali.
Specifična biološka taksonomija je cilj taksonomistov, vendar je pogosto v nasprotju s splošno modrostjo ali pomanjkanjem strogosti. Na primer na vprašanje “Ali obstajajo morske žuželke?” nekateri bi lahko odgovorili: “No, jastogi so nekako kot žuželke.” Čeprav se naključnemu opazovalcu ta odgovor morda zdi zadosten, je dovolj, da povzroči, da karierna taksonomistka praktično izpljune svojo kavo.
Žuželke so pripadniki razreda Insecta, medtem ko so jastogi člani podvrsta Crustacea, povsem druge skupine. Čeprav sta oba členonožca in sta verjetno sorodna, sta si skupini precej različni, pri čemer je ena predvsem kopenska, druga pa vodna. Naključno omenjanje njih kot monofiletska skupina je vrsta navade, proti kateri se taksonomi borijo tako, da so bolj natančni glede odnosov med živalmi, kar nam pomaga, da jih bolje razumemo.