Bazalni gangliji so simetričen niz struktur v osrednjem delu možganov, ki nadzorujejo gibanje. Sestavljeni so iz konglomerata jeder globoko v možganski skorji. Vsa senzorična in motorična področja zunanjega dela možganov pošiljajo signale, ki se usmerijo skozi rep in putamen znotraj dela anatomije bazalnih ganglijev, imenovanega striatum. Kaudat obdeluje signale, ki so povezani z vedenjem in motivacijo, putamen pa vzorce senzoričnih in motoričnih funkcij. Strukture tipa bazalnih ganglij najdemo v možganih sesalcev, ptic, plazilcev, rib in dvoživk.
Velik del senzoričnega vnosa potuje skozi striatum, ki služi kot primarno vhodno območje iz drugih delov možganov. Večina živčnih projekcij prihaja iz motorične in prefrontalne skorje. Medialni repni del in drugi del anatomije bazalnih ganglijev, imenovan nucleus accumbens, zbirata signale iz čelne skorje in limbičnih predelov možganov, zato je tukaj nadzorovana povezava med mislijo in gibanjem. Med caudatom, putamenom in substantia nigr obstajajo tudi medsebojne povezave, izhod iz teh območij pa vodi do globus pallidusa.
Obstajata dva dela, ki sestavljata globus pallidus. Motorične funkcije nadzoruje talamus, signale, ki ovirajo to funkcijo, pa nadzoruje in pošilja v talamus globus pallidus externa. Drugi del globus pallidus, imenovan globus pallidus interna, pomaga pri nadzoru drže s komunikacijo z vmesnimi možgani. Signali se pridobivajo v globus pallidusu iz kavdata in putamena, obe področji pa usmerjata informacije v subtalamično jedro.
Nevralne poti so bodisi neposredne ali posredne. Pot signalov iz skorje v bazalne ganglije, v talamus in nazaj v skorjo je neposredna pot, medtem ko posredna pot vodi od skorje do striatum, zunanji globus pallidus, subtalamično jedro, notranji globus pallidus ter na talamus in skorjo. Dopamin vzbuja neposredne poti, posredne pa zavira, kar ustvarja infrastrukturo za razumevanje vzorcev pozitivnih in negativnih povratnih informacij.
Anatomija bazalnih ganglijev je zapletena in vključuje različne poti za nevronske signale, ki gredo v in iz drugih delov možganov. Tako klavstrum kot amigdala sta prav tako povezana s splošno strukturo, vendar ne nadzorujeta gibanja. Poškodba katerega koli dela bazalnih ganglijev vodi do motenj v gibanju, na primer pri Parkinsonovi bolezni, obsesivno-kompulzivni motnji, cerebralni paralizi in drugih.