Obiskovanje spletne srednje šole ima številne prednosti. Prva na tem seznamu je lahko izbira tečaja. Srednješolci se pogosto srečujejo z omejeno izbiro predmetov, med katerimi lahko izbirajo. Po drugi strani pa številne spletne šole ponujajo obsežen seznam tečajev, ki vključuje vse od osnov, kot sta matematika in naravoslovje, do dodatkov, kot so računalniško programiranje in pouk instrumentov. Številne spletne srednje šole študentom ponujajo tudi možnost obiskovanja odliko in naprednih razredov, ki morda niso tako na voljo v nekaterih tradicionalnih šolah.
Druga prednost spletne srednje šole je priročnost. Učencu ni treba zjutraj vstati zelo zgodaj in hiteti v šolo. Namesto tega lahko dobi primerno količino spanca in začne svoj dan po želenem urniku. Medtem ko imajo spletne javne šole zahteve glede udeležbe, zasebne šole pa jih imajo lahko tudi, je pri spletni šoli veliko več prilagodljivosti. Poleg tega spletnemu srednješolcu ni treba skrbeti, kaj obleči ali kaj bodo njegovi vrstniki povedali o tem, kako izgleda tisti dan; se lahko celo uči v svoji pižami, če hoče.
Tudi spletni srednješolec lahko doživi radosti učenja v svojem tempu. Pri tovrstnem učenju učenca ni treba ovirati zaradi razreda, ki se zanj premika prehitro ali počasi. Prav tako bo morda lahko izkoristil ponudbe tečajev, ki ustrezajo njegovemu posebnemu učnemu slogu. Nekatere spletne srednje šole na primer ponujajo tečaje, ki skrbijo za vizualne ali slušne učence poleg tistih, ki se dobro učijo iz tradicionalnih metod poučevanja.
Spletna srednja šola ponuja tudi prednosti več svobode od motenj. Učenci se bodo morda bolj svobodno učili brez pritiska prijateljev, nasprotnega spola in nasilnežev. Morda bodo tudi bolje izkoristili svoj učni čas, saj jim ne bo treba čakati, da učitelj razdaja dokumente ali se ukvarjajo s tistimi učenci, ki ne sodelujejo. Sramežljivi učenci lahko prav tako koristijo, saj jim ob vpisu v spletno šolo ne bo treba skrbeti, da bi se počutili nerodno postavljati ali odgovarjati na vprašanja pred drugimi.
Druga prednost spletne srednje šole je, da študentom omogoča, da bolje izkoristijo svoj čas. Ker ne izgubljajo časa s čakanjem na začetek pouka in potovanjem v šolo in iz nje, bodo morda imeli več časa za uresničevanje svojih strasti. Na primer, če študent trenira balet, ima morda več časa za vadbo. Če se drug učenec uči glasbila, ima morda tudi za to več časa. Tudi delo s krajšim delovnim časom in druženje se lahko bolje prilegata življenju študenta, ki ima fleksibilnost, ki jo omogoča spletna šola.