Neželeni učinki zdravila za ščitnico se lahko pojavijo, če bolnik jemlje preveč ali premalo, kar povzroči nenormalne ravni ščitničnega hormona. Obstajajo lahko tudi pomisleki glede interakcij z drugimi živili ali prehranskimi sestavinami, kot je jod. Natančni neželeni učinki so lahko odvisni od zdravil in koncentracij ščitničnega hormona v telesu, lahko pa vključujejo glavobole, slabo termoregulacijo, spremembe telesne teže in utrujenost. Bolniki se morajo o neželenih učinkih pogovoriti s svojim zdravnikom, saj lahko kažejo, da zdravilo ne deluje, kot je bilo predvideno.
Ljudje, ki ne proizvajajo dovolj ščitničnega hormona, morajo jemati sintetično zdravilo, ki nadomesti delovanje te žleze. Čeprav imajo nizko raven hormonov, imajo lahko simptome, kot so bolečine v mišicah, huda utrujenost in zaprtje. Ti lahko vztrajajo, medtem ko se odmerek zdravila za ščitnico počasi prilagaja navzgor, da se najde točka, na kateri je učinkovito. Bolniki se lahko tedne ali mesece navadijo na zdravilo, med tem pa se udeležijo rednih kontrolnih pregledov, da ugotovijo, ali potrebujejo večje odmerke.
Ko je bolnik na pravem odmerku, bi morali neželeni učinki izginiti, ker telo dobiva hormon, ki ga potrebuje. Če se koncentracije dvignejo previsoko, lahko ljudje opazijo neželene učinke zdravil za ščitnico, kot so izguba teže, nenadzorovano tresenje, driska in potenje. Nekateri bolniki doživljajo živčnost ali vznemirjenost skupaj z nespečnostjo. Ti simptomi lahko vztrajajo, dokler ravni hormonov niso ustrezno uravnotežene z znižanjem odmerka ali razrešitvijo medsebojnega delovanja zdravil.
Bolj resno, zdravila za ščitnico lahko povzročijo bolečine v prsih, izpuščaje, aritmije in palpitacije. Te so lahko posebno tveganje pri ljudeh, ki imajo bolezen koronarnih arterij ali druge bolezni srca, in jih je treba obvestiti zdravnika, če se pojavijo. Odmerjanje zdravila za ščitnico je mogoče prilagoditi, da znižate ravni in poiščete ustreznejšo raven za uporabo v prihodnosti. To zagotavlja, da bolnik dobi dovolj zdravil za nadomestitev delovanja ščitnice, ne da bi se nabralo preveč, kar bi lahko povzročilo neželene zaplete.
Kadar je to zdravilo priporočeno, morajo bolniki ostati na njem, dokler se osnovni problem ne odpravi, ali do konca življenja, če je ščitnica trajno poškodovana ali odstranjena. Med zdravljenjem z zdravili za ščitnico morajo bolniki obiskovati redne zdravniške preglede, da lahko zdravnik preveri ravni. Ti lahko prepoznajo zvišanje hormonov, preden začne povzročati resne neželene učinke, zato lahko zdravnik vnaprej prilagodi odmerek, da prepreči nelagodje.