V večini primerov je rok uporabnosti amoksicilina od enega do dveh let. Nekateri dejavniki, ki lahko vplivajo na rok uporabnosti, vključujejo izpostavljenost svetlobi, toploti in vlagi. Amoksicilin, ki je na voljo v tekoči obliki, ki ga imenujemo tudi amoksicilin za peroralno suspenzijo, je običajno treba hraniti v hladilniku. Če tekočega amoksicilina ne hranite v hladilniku, lahko to negativno vpliva na rok uporabnosti. Na splošno je treba celotno vsebino vsebnika amoksicilina vzeti v 10 dneh po predpisu, odvisno od posebnih navodil zdravnika, in oseba, ki razmišlja o jemanju starega amoksicilina, naj se pred tem verjetno posvetuje z zdravnikom.
Večina zdravil, vključno z amoksicilinom, je označenih z roki uporabnosti, ki trdijo, da je zdravilo dobro do enega leta po predpisu. Možno je, da je večina zdravil dejansko varna za uživanje več kot eno leto po predpisovanju, čeprav morda ne bodo delovala tako dobro, kot so bila, ko so bila sveža. Zmanjšanje učinkovitosti je vsaj delno posledica verjetnosti, da je bila večina zdravil v enem letu verjetno izpostavljena neugodnim razmeram, ki bi lahko vplivale na njihovo delovanje. Izpostavljenost svetlobi, toploti in vlagi lahko sčasoma povzroči, da kemikalije v amoksicilinu in drugih zdravilih ne reagirajo na enak način kot prvotno, kar pomeni, da morda ne bodo uporabne pri zdravljenju različnih bolezni.
Oseba, ki želi zagotoviti, da je njegov amoksicilin varen za uživanje, mora upoštevati vsa navodila na embalaži glede shranjevanja za podaljšan rok uporabnosti amoksicilina. Idealno mesto za shranjevanje amoksicilina v obliki tablet za zaščito pred svetlobo, toploto ali vlago je verjetno v omarici z zdravili. Veliko ljudi postavi posode z amoksicilinskimi tabletami v okenske police, vendar to običajno vodi do prekomerne izpostavljenosti svetlobi in toploti. Shranjevanje amoksicilina v kopalnici zunaj na pultu in ne v omarici za zdravila pomeni, da bo amoksicilin verjetno prišel v stik s preveč vlage. Rok uporabnosti amoksicilina v tekoči obliki je lahko nekoliko krajši od amoksicilina v obliki tablet, ker ga je običajno treba hraniti v hladilniku, tekoča oblika pa verjetno ne bo dolgo učinkovita, če je ne hranite v hladilniku.
Ne glede na rok uporabnosti je pomembno upoštevati, da je amoksicilin antibiotik. Večina zdravnikov predpisuje antibiotike ljudem s posebnimi navodili, naj jih jemljejo v celoti, da zagotovijo, da bodo okužbe, za zdravljenje katerih je bil amoksicilin predpisan, izginile. Oseba, ki ni uspela dokončati kroga amoksicilina in razmišlja o tem, da bi vzela preostanek za zdravljenje druge okužbe, tega ne sme storiti, ne da bi vprašala svojega zdravnika. Če je amoksicilin potekel, morda ne bo tako učinkovit, kot je bil, ko je bil prvič predpisan. Amoksicilin, ki ni dovolj močan, da bi uničil okužbo, verjetno ne bo koristen, izpostavljenost šibkemu amoksicilinu pa lahko dejansko povzroči, da bakterije v telesu postanejo močnejše in jih je težje zdraviti.