Klonidin se redno predpisuje otrokom za stanja, kot so tiki, motnja pomanjkanja pozornosti in hiperaktivnost (ADHD), včasih pa tudi za visok krvni tlak. V državah, kot so ZDA, Uprava za hrano in zdravila odobri zdravilo za otroke samo za uporabo pri zdravljenju ADHD in še niso ocenili njegove varnosti in učinkovitosti za druga stanja. To ne pomeni, da se klonidin pri otrocih ne uporablja za druga stanja, zato so recepti brez predpisov pogosti in jih mnogi zdravniki menijo, da so primerni. Lahko ima močne neželene učinke in starševska pazljivost je potrebna, ko otrokom predpišejo zdravilo, zato se varnost upošteva pri tehtanju tveganj in koristi.
Za razliko od mnogih drugih zdravil, ki se uporabljajo za ADHD, to zdravilo ni poživilo. Zaradi tega je klonidin pri otrocih še toliko bolj uporaben za 10 % ali več otrok, ki se lahko slabo odzovejo na standardno zdravljenje motnje s stimulativnimi zdravili, kot je metilfenidat (Ritalin®) ali druga zdravila. Zdi se, da je učinkovit pri otrocih in lahko zmanjša nekatere težke simptome ADHD, kot so impulzivnost, nemir in slaba osredotočenost.
Glede na odobritev FDA za varnost klonidina pri otrocih za ADHD, je smiselno gledati nanj tudi kot na potencialno zdravljenje drugih motenj pri pediatrični populaciji. Izkazalo se je za učinkovito pri zdravljenju Tourettovega sindroma in pri zdravljenju visokega krvnega tlaka. Za zdravljenje teh stanj so na voljo tudi druga zdravila.
Trditi o absolutni varnosti klonidina pri otrocih je nemogoče. Kot pri vsakem zdravilu ima lahko tudi močne stranske učinke in zdravilo ni primerno za vsakogar. Glavni neželeni učinki, ki so relativno benigni, vključujejo občutek zaspanosti, omotico, suhe oči, usta in nos ter glavobole.
Lahko se pojavijo hujši neželeni učinki, ki zahtevajo nujno zdravniško pomoč. To so bolečine v prsih, zelo močna zaspanost ali utrujenost, tresenje ali tresenje kjer koli v telesu ter hiter srčni utrip. Lahko se pojavi tudi anafilaktična alergijska reakcija na zdravilo, ki se kaže s simptomi, kot so koprivnica, otekanje obraza, ustnic in jezika, slabost, težko dihanje in astma. Ti simptomi zahtevajo takojšnjo zdravniško pomoč.
Da bi bil klonidin pri otrocih varnejši, ga je treba ustrezno dajati. Natančen odmerek se razlikuje glede na težo otroka in je lahko v obliki tablet ali obliža. Tudi prenehanje jemanja zdravila zahteva previdnost. Zdravila ne smete nenadoma prekiniti, razen če gre za alergijo, ker lahko povzroči močne odtegnitvene simptome. Namesto tega zahteva zožitev, tako da je neprijetnih učinkov minimalno ali brez njih.
Poleg tega morajo otroci pred prejemom tega zdravila opraviti popoln pregled. Klonidin lahko vpliva na srce, jetra ali ledvice in če imajo otroci kakršno koli bolezen, ki prizadene te organe, je treba poskusiti z drugim zdravilom. Starši so tudi zaskrbljeni, ali bo klonidin pri otrocih povzročil dolgotrajne učinke, kot je upočasnjena rast. Glede tega ni soglasja, vendar mnogi raziskovalci trdijo, da se lahko rast dejansko nekoliko poveča, ker je del delovanja zdravila rahlo spodbujanje proizvodnje rastnega hormona.