Morfogeneza je pomemben proces v razvojni biologiji, v katerem organizmi razvijejo svoje značilne oblike. To vključuje razvoj oblik tkiv, organov in organizma kot celote – ni omejen le na celotno obliko organizma. Ta proces, s katerim se definira oblika, je posredno nadzorovan z genetsko sestavo bitja. Različni procesi, kot so kemični signali, ki vključujejo hormone in fizične obremenitve, ki jih povzročajo vzorci razvoja celic, povzročijo, da se celice razvijajo na določen način, ki vodi do tvorbe organov posebne oblike. Medtem ko morfogenezo običajno preučujemo ločeno od celične rasti, sta pri razvoju enoceličnih organizmov v bistvu enaki, saj je oblika takšnega bitja opredeljena z obliko ene celice.
Obstaja veliko različnih elementov razvojne biologije, ki sčasoma prispevajo k morfogenezi. Diferenciacija celic, proces, s katerim se ena celica deli, da tvori več, je pomembna, ker so številne oblike organov, ki vodijo do celotne oblike organizma, določene na podlagi vzorcev celične diferenciacije. V zgodnjem razvoju se na primer prva celica razdeli na dve, vendar se ti dve celici ne bosta nujno razdelili simetrično. Različne celice se delijo ob različnih časih, kar povzroča asimetričen razvoj, ki po številnih naslednjih delitvah vodi do oblike. Te asimetrije na splošno sprožijo genetska navodila, ki jih izvajajo beljakovine ali drugi kemični in prostorski elementi.
Rast celic je še en pomemben vidik razvojne biologije, ki prispeva k morfogenezi. Rast celic opisuje, koliko raste celica glede na vsebnost organelov in citoplazme. Nekatere celice zrastejo precej velike, druge pa ostanejo precej majhne. Različne velikosti celic igrajo pomembno vlogo pri morfogenezi, saj se lahko celice različnih velikosti združujejo na različne načine za proizvodnjo organov različnih oblik.
Morfogeneza je razmeroma občutljiv proces, ki ga je mogoče motiti ali spremeniti na različne načine. Razvojni genetiki pogosto preučujejo morfogenezo tako, da deaktivirajo specifične ciljne gene, ki shranjujejo genetska navodila za določene celice, da bi proizvedli signale, ki sprožijo ali ustavijo različne vidike rasti in diferenciacije celic. Pogosto takšni poskusi povzročijo organizme, ki se ne razvijejo dovolj, da bi preživeli pretekli razvoj zarodka. V nekaterih primerih se nekateri pomembni organi ne oblikujejo v celoti, v drugih pa se diferenciacija morda ne pojavi dovolj, da bi se oblike organov sploh razvile. S preučevanjem morfogeneze na ta način lahko znanstveniki povežejo specifične gene z določenimi razvojnimi funkcijami.