Medicinski alatorji so kemikalije in instrumenti, ki tkiva izpostavljajo ekstremno hladnim ali vročim temperaturam. Tkiva takoj odmrejo, ko so izpostavljena kauterizaciji ali zmrzovanju, kirurgi pa lahko tkivo zlahka odstranijo. Postopki ablacije so običajno manj invazivni in zahtevajo krajši čas okrevanja kot drugi kirurški posegi. Zdravniki lahko izvajajo medicinsko ablacijo kjer koli na telesu od površine kože do tkiv globoko v notranjosti.
Srčni kirurgi izvajajo postopke medicinske ablacije z uporabo alkohola za zdravljenje hipertropne kardiomiopatije. Pri bolnikih z diagnozo tega stanja pride do zadebelitve stene srčnega septuma. Zdravniki običajno izvajajo postopek v laboratoriju za katerizacijo, pri čemer je bolnik buden, vendar rahlo sediran. Pod vodstvom slikovne tehnologije kardiolog vpelje kateter skozi krvne žile, ki vodijo do srca. Alkohol, vbrizgan skozi kateter, pride v stik z odebeljeno steno, uniči in skrči povečano tkivo.
Dermatologi uporabljajo kemikalije za postopke dermoabrazije in mikrodermoabrazije. Ta vrsta medicinske ablacije povzroči luščenje kože. Krioablacija s plinom argon se uporablja tudi za zamrzovanje nezaželenega biološkega tkiva na temperature pod ničlo. Ko je tkivo zamrznjeno, se strdi in strokovnjaki uporabljajo abrazivno krtačo ali diamantno kolo, da odstranijo tkivo plast za plastjo. Bolniki lahko opravijo površinsko ablacijo za brazgotine po aknah, drobne gubice ali nenormalne izrastke.
Kirurgi uporabljajo tudi krioablacijo za uničenje notranjih tumorjev do 2 palcev (5 centimetrov) v premeru. Skozi majhen rez zdravniki vstavijo votlo palico. Pod vodstvom računalniške tomografije ali ultrazvoka palica prispe na mesto tumorja in oddaja zmrzovalni plin v tumor. Celice ob stiku odmrejo in postanejo neškodljivo brazgotinsko tkivo.
Medicinska ablacija včasih vključuje lasersko ali radiofrekvenčno terapijo. Med operacijo zdravniki namesto običajnih skalpelov uporabljajo laserje za sežiganje in rezanje tkiva, poleg tega pa zažgejo krvne žile. Laserji se pogosto uporabljajo tudi za lokalne kozmetične postopke. Radiofrekvenčna ablacija, znana tudi kot Cobalation®, uporablja kombinacijo radijskih valov in fiziološke raztopine, ki ustvarja segreto plazemsko polje med dvema elektrodama. Tkivo, ki je izpostavljeno temu plazemskemu polju, takoj izhlapi.
Kardiologija, ginekologija in otolaringologija so nekatera od področij, ki odpravljajo nenormalno tkivo z nadzorovano radiofrekvenčno ablacijo. Kardiologi popravljajo nenormalne srčne ritme z blokiranjem nepravilnih električnih poti v srcu. Ginekologi lahko odstranijo tumorje materničnih fibroidov z uporabo Coblation®. Strokovnjaki za ušesa, nos in grlo običajno uporabljajo to metodo za odstranjevanje tonzil in adenoidov ali za popravljanje okvar neba, ki povzročajo spalno apnejo ali smrčanje.