Cisto kolka lahko zdravimo bodisi s kirurško odstranitvijo bodisi z drenažo, ki jo dopolnjujejo protivnetna zdravila; najboljša možnost zdravljenja je v veliki meri odvisna od vrste ciste. Morda bo potrebno dodatno zdravljenje, odvisno od osnovnega vzroka za nastanek ciste. Če se rast razvije kot posledica fizične travme, na primer, je treba kost pregledati za morebitne nezaceljene poškodbe pred ali po odstranitvi ciste. Bolniki z rakavimi cistami bodo morali opraviti zdravljenje, da se prepreči verjetnost ponovitve. V nekaterih primerih bo cista počila sama, kar ne bo zahtevalo nadaljnjega zdravljenja izven drenaže tekočine.
Zdravljenje subhondralne ciste kolka običajno ni potrebno, saj ta vrsta rasti sčasoma izgine. Bolniki lahko uporabljajo protivnetna zdravila, da zmanjšajo nelagodje in se izognejo vsem dejavnostim, ki bi lahko povzročile pritisk na prizadeto območje. Tudi sinovialne ciste se sčasoma nagibajo k krčenju, čeprav se večina bolnikov odloči za kirurško odstranitev izrastkov, da prepreči njihovo ponovno rast. V primerih, ko cista poči sama od sebe, bo moral pacient izprazniti sproščeno tekočino iz območja. Tako kot pri subhondralni kolčni cisti je tudi sinovialno cisto mogoče zmanjšati s pomočjo kortikosteroidov.
Bolniki bi se morali naučiti tudi, kaj je povzročilo nastanek izrastkov, in obravnavati te težave. Če se na primer osteoporoza oblikuje ob začetku osteoporoze, mora bolnik opraviti potrebne prilagoditve življenjskega sloga, ki so potrebni za obvladovanje stanja in preprečevanje nadaljnje rasti. Bolniki s cistami, ki se razvijejo zaradi revmatoidnega artritisa, pa lahko preprečijo razvoj cist s pomočjo antirevmatikov. Zmanjšanje naporne telesne dejavnosti, ki prizadene boke, lahko pomaga tudi pri preprečevanju nadaljnjih izrastkov. Bolniki se lahko odločijo za biopsijo aspiracije z iglo, da dobijo jasnejšo diagnozo svojih cist.
Zdravstveni strokovnjaki svetujejo, da bolniki čim prej opravijo operacijo ciste kolka, če se ugotovi, da je rast rakasta. To lahko pomaga preprečiti, da bi se rak razširil po celotnem kolku in na preostali del telesa, če je določeno, da je to območje izvora. Različna zdravljenja, kot sta kemoterapija in radioterapija, so prav tako izvedljive rešitve, če bolnik zavrne operacijo ali če se je rak začel drugje v telesu. Za potrditev, ali je rak uspešno remisijo, je treba izvajati redno spremljanje.