Vse oblike bakterij niso škodljive; manj kot 1 % je vir bolezni ali okužbe. Na žalost ta majhen odstotek pogosto povzroči nekatere neprijetne in včasih smrtonosne bolezni. Zdravljenje bakterijskih okužb skoraj vedno vključuje peroralno zaužitje ali lokalno uporabo antibiotikov. Edina nevarnost tega poteka zdravljenja je, da lahko tako ljudje kot bakterije razvijejo imunost na antibiotike.
Zdravnik mora določiti specifično bakterijo, preden predpiše zdravljenje z bakterijsko okužbo. To se običajno doseže s krvnimi preiskavami, preiskavami urina ali kulturo očitno okuženega območja. Stafilokoki – bolj znani kot stafilokoki – običajno vstopijo v telo skozi rez. Stafilokokovne okužbe, ki vstopijo v krvni obtok, lahko povzročijo odpoved dihanja in smrt.
Streptokoki so vir nekaterih vrst pljučnice, sinusitisa, škrlatinke in vnetja grla. Druge vrste nevarnih bakterij vključujejo e-coli in salmonelo. Dobra novica je, da je skoraj vse te bolezni, ki jih prenašajo bakterije, mogoče zdraviti, če jih odkrijemo zgodaj.
Zdravljenje bakterijskih okužb je odvisno od resnosti bolezni in od tega, kako daleč so se bakterije razširile. Antibiotiki širokega spektra, kot je tetraciklin, lahko napadejo in ubijejo številne različne vrste bakterij. Zdravljenje bakterijskih okužb za bolj specifične bolezni lahko zahteva antibiotik srednjega spektra, kot je penicilin. Antibiotiki ozkega spektra so zasnovani za napad na eno samo obliko bakterij.
Zdravniki pazijo, da antibiotikov zaradi težav s pridobljeno imunostjo ne predpisujejo preveč. Bakterije se hitro prilagodijo in zdravilo, ki je delovalo med enim napadom bolezni, je lahko veliko manj učinkovito, ko bo naslednjič potrebno. Zdravljenje manjših bakterijskih okužb se lahko včasih zdravi z zelišči ali dodatki.
Česen je verjetno najbolj znano zelišče, ki se uporablja pri zdravljenju bakterijskih okužb; lahko ga zaužijemo surovega ali v obliki dodatka. Pekoče paprike, kot so cayenne, jalapeno in habanero, naj bi prav tako pomagale pri boju proti učinkom škodljivih bakterij. Origanovo olje se v vzhodnih državah uporablja že stoletja, običajno za zdravljenje bakterijskih okužb dihal ali sečil.
Bakterijske okužbe je mogoče ublažiti tudi z zdravo prehrano in vnosom določenih vitaminov in mineralov. Pogosto se priporočajo vitamini A, E in C, v veliki meri za pomoč pri krepitvi imunskega sistema osebe. Jogurt in sir vsebujeta probiotike, ki pomagajo v boju proti okužbam. Najboljši način za zdravljenje bakterijskih okužb je, da se jim izognemo. Ustrezna higiena, zlasti pogosto umivanje rok pod vročo vodo z milom, je eden najučinkovitejših preventivnih ukrepov, ki so na voljo.