Ciprofloksacin je antibiotik in ubija le nekatere vrste bakterij. Spolno prenosljive bolezni (STD) lahko povzročijo različne okužbe, od katerih bakterije predstavljajo le del. Od bakterijskih okužb, za zdravljenje katerih so zdravstveni delavci predhodno uporabljali ciprofloksacin, so nekatere postale odporne na zdravilo, zato bodo morda potrebni drugi antibiotiki. Od leta 2011 velja, da se chancroid in predvsem tropski dimeljski granulom spolno prenosljivih bolezni zdravi z zdravilom.
Kadar spolno prenosljivo bolezen povzroči virus, ciprofloksacin ni učinkovit. Spolno prenosljive bolezni, ki jih povzročajo virusi, vključujejo genitalni herpes, virus humane imunske pomanjkljivosti (HIV) in genitalne bradavice. Virusi se običajno ne odzivajo na antibiotike.
Vsak antibiotik ima tudi posebne načine delovanja in zato ne more ciljati na vse vrste bakterij. Na primer, klamidijo povzroča bakterija Chlamydia trachomatis, na katero ciprofloksacin ne more ciljati. Ciprofloksacin je neučinkovit tudi proti limfogranulomu vereneum, ki ga povzroča tudi C. trachomatis.
Druge bakterijske bolezni, ki jih ciprofloksacin ne more zdraviti, vključujejo sifilis, kjer bolezen povzroča bakterija Treponema pallidum. Bakterijska vaginoza je drugo stanje, ki ga lahko povzroči spolno prenosljiva bolezen ali pa tudi ne. Tudi to stanje se običajno ne odziva na zdravljenje, ki vključuje ciprofloksacin. Tudi trihomonijaza se s ciprofloksacinom ne odpravi, vendar je to v tem primeru zato, ker je povzročitelj protozojski parazit in ne bakterija.
Bakterije se lahko sčasoma razvijejo in razvijejo mehanizme odpornosti na antibiotik in ciprofloksacin ni izjema. Centri za nadzor bolezni (CDC) v Združenih državah so leta 1998 izdali izjavo, ki navaja, da je bil ciprofloksacin eno od učinkovitih zdravil za gonorejo, vendar je bila do leta 2010 bakterija, ki povzroča gonorejo, tako odporna na to zdravilo, da je CDC priporočil uporabo drugih zdravil. namesto tega zdravila, kot je ceftriakson.
V skladu s priporočili CDC iz leta 2010 o možnostih zdravljenja spolno prenosljivih bolezni je ciprofloksacin primeren le za zdravljenje šankroida in bolezni, ki se pojavlja predvsem v tropskih državah, imenovana granuloma inguinale. V primeru te bolezni je povzročitelj bakterija Klebsiella granulomatis. Čeprav lahko ciprofloksacin od leta 2011 zdravi te bolezni, se včasih pojavijo težave.
Pri chancroidu obstaja nekaj sevov, ki so odporni na zdravilo. V teh posebnih primerih lahko druga zdravila, kot je azitromicin, uspešno zdravijo okužbo. Granuloma inguinale ima tudi nagnjenost k ponovitvi, čeprav se zdi, da je začetno zdravljenje z antibiotiki uspešno. Druga pomanjkljivost uporabe ciprofloksacina za spolno prenosljive bolezni je, da ni varen za nosečnice in doječe ženske.